Benché tanto inferiore per consistenza demografica rispetto alle città vicine, Firenze e Bologna in particolare, che avevano decine di migliaia di cittadini, la piccola Prato (nel 1298 quattromila abitanti fra "terra murata" e "borghi urbani") seppe inserirsi nella politica regionale, influendo talvolta anche in ambiti più vasti. Le varie vicende diplomatiche e belliche svoltesi fra il XII e il XIII secolo attestano la vitalità e il prestigio della repubblica pratese, il cui territorio (dai confini un po' variabili attraverso i tempi, ma sempre con più di diecimila abitanti extraurbani) comprendeva gli attuali comuni di Prato, Vaiano, Poggio a Caiano (in gran parte), frazioni di quello di Carmignano (Montalbiolo ecc.) e Montemurlo (Monteferrato) oltre a porzioni minori degli odierni comuni di Cantagallo, Calenzano, Campi Bisenzio e, forse, Tizzana (oggi Quarrata) e Agliana. La guerra con Pistoia, conclusa vittoriosamente nel 1193, aveva accresciuto i domini di Prato, la quale intanto riusciva - unica città in Toscana - ad assorbire anche territori del contado fiorentino, fra Bisenzio e Marina.

Ad una prima fase di predominio ghibellino, durante la quale la città fu spesso sede dei vicari imperiali per la Toscana ed ospitò più volte gli imperatori Arrigo IV ed Ottone IV, successe, con qualche parentesi, un lungo periodo di preponderanza della parte guelfa, alla cui causa in una sfera più ampia, Prato dava intanto un valido apporto di carattere militare, con un impegno cui non erano certo estranee le ragioni di un'accorta politica commerciale che si giovava dell'appoggio dei maggiori comuni schierati nello stesso campo.

Il fattore determinante che faceva di Prato una città guelfa va ricercato nell'importanza che assai per tempo assunsero nella vita cittadina le classi popolari, naturalmente ostili all'Impero ed ai magnati che da quello ritraevano autorità e sostegno. Già nel 1193 al regime aristocratico dei consoli si era sostituito quello podestarile: ma il governo cittadino doveva ancora più democratizzarsi per una costante spinta dal basso di nuove forze sociali. Mentre vivaci fermenti agitavano la società pratese, che dalla fine del XII secolo alla metà del '200 fu tra le più pronte ad accogliere, elaborare e diffondere idee innovatrici spinte fino alla negazione di ogni struttura statale, la classe artigiana organizzata come un vero Stato nello Stato - economicamente nelle Arti, militarmente nelle Società del Popolo - riusciva nel 1240 ad affermare il proprio potere in opposizione alla Società dei Militi che riuniva il patriziato ed alle Arti maggiori dei mercanti e dei giudici, anticipando di anni quell'evoluzione che doveva poi verificarsi anche in altre città. Istituzionalizzato con la creazione della magistratura del Capitano del Popolo, tale ordinamento, pur lasciando ai margini altri strati sociali (peraltro in parte rappresentati dal Consiglio Generale), costituì un sistema dei più avanzati fra quanti mai reggessero una città-stato medievale, assicurando al governo una base popolare insolitamente ampia per l'epoca.

Nell'ultima delle parentesi di predominio ghibellino che dicevamo (1239-1250), Prato tornò ad essere sede del vicariato imperiale per la Toscana, con Pandolfo di Fasanella e Federico di Antiochia, figlio dell'imperatore Federico II di Svevia e appunto vicario con titolo regale per l'intera regione (nel 1241 sarà in città anche Enzo re di Sardegna, altro figlio di Federico II). Certo per volontà del padre il d'Antiochia ingrandisce e trasforma l'antico fortilizio al centro di Prato, per farne sostegno del potere ghibellino, presidio della via fra Germania e regno siculo-napoletano, infine simbolo della maestà dell'Impero: nasce così (ma non sarà terminato per la morte nel 1250 dell'imperatore e il rapido mutare delle sorti politiche) uno dei più splendidi esempi di architettura sveva, frutto di quella cultura federiciana che era nutrita di apporti classici, nordici e saraceni.

Nel 1249, dal castello pratese in costruzione, il d'Antiochia guida alla presa della guelfa Firenze i suoi cavalieri germanici rafforzati da milizie pratesi e da fuorusciti ghibellini toscani: dopo tre giorni di assedio Firenze cede il 2 febbraio ed i guelfi fiorentini sono in fuga. Il d'Antiochia li caccia anche per le campagne e conquista pure Capraia sull'Arno dove una parte di essi si era rifugiata, presso un ramo degli Alberti di Prato passati (fatto singolare) a Parte Guelfa. La spedizione del '49 entrerà probabilmente nel DNA storico dei fiorentini, che vedranno a lungo Prato come una minaccia e cercheranno di ottenere il presidio del temibile castello pratese.

Fra tante avventure la repubblica pratese prosperava comunque nelle attività economiche e sviluppava la sua civiltà municipale. Fioriva la lavorazione della lana, esercitata già nell'epoca feudale (sia pure entro le strette maglie dell'economia curtense) ed apertasi col dodicesimo secolo a ben più vasti orizzonti, tanto che il panno pratese poteva affermarsi in tutti i paesi europei e mediterranei. Fino dal 1108 - prima quindi di Firenze - è documentata la esistenza di gualchiere: al servizio di queste e di altri opifici Prato creava, o ricostruiva, fra l'XI ed il XIII secolo, il sistema di canalizzazione delle gore, uno dei più antichi esempi in Italia di razionale utilizzazione della forza idraulica. Mentre già nel '200 sorgevano lungo il Bisenzio alcune delle prime cartiere d'occidente, l'arte tradizionale delle terrecotte e del marmo (il "verde di Prato") guadagnava mercati sempre più ampi; anche altre attività artigianali pratesi trovavano sbocco alla loro produzione fuori dei confini. L'agricoltura partecipava del generale sviluppo economico: il Comune favoriva la emancipazione sociale e quindi l'incremento produttivo nelle campagne (precocissima fu nel Pratese l'affermazione della mezzadria, nel medioevo strumento di progresso), intraprendeva bonifiche, formava un vasto demanio pubblico di terre da mettere a coltura. È da notare come già allora Prato esportasse anche vino di poggio e di piano.

L'architettura pratese, accogliendo varie influenze e svolgendo un ruolo primario nell'elaborazione del policromismo toscano, si caratterizza con proprie forme, costituendo l'espressione più alta di un'autoctona civiltà artistica cittadina, il cui ciclo vitale, iniziatosi già coi mosaici pavimentali di San Fabiano (IX-X secolo), durerà almeno per tutto il periodo tardo gotico. Un vivo senso cromatico permeava in epoca romanica l'intero tessuto edilizio della città, le chiese e i chiostri dal paramento marmoreo, i palazzi merlati costruiti in laterizio e in alberese dal caldo color avorio, i portici, le sessanta torri gentilizie che dominavano un'armoniosa maglia viaria, dove fondaci e laboratori si raggruppavano in particolari strade secondo la loro attività. Numerosi, fin dal '200, i miniatori e pittori locali, fra i quali ebbe particolare rilievo la vigorosa personalità di Bettino Corsini. La città vantava poeti, teologi, matematici e il Comune assecondava il fiorire dei più vari interessi intellettuali promuovendo scuole di retorica e un lettorato di medicina.

Con le nuove fazioni dei Bianchi e dei Neri, gli inizi del trecento videro in Prato il riacutizzarsi delle lotte di parte, alimentate, più che da motivi ideali, da interessi politici ed economici e da tradizionali rivalità fra consorterie. Lotte d'altronde mai del tutto sopite: anche dopo la fine di Manfredi e Corradino di Svevia alla quale Prato aveva concorso inviando truppe a Carlo I d'Angiò, la fazione ghibellina pratese si era infatti mantenuta a lungo agguerrita, tentando più volte di rientrare in città con la forza delle armi. Tentativi sempre infrantisi contro la poderosa fortezza e rintuzzati dalle scorrerie della cavalleria cittadina; le imprese dei fuorusciti, arroccati a Capalle e Montemurlo, misero però spesso in allarme il guelfismo toscano, che da parte sua rispondeva giurando proprio nella città del Bisenzio un'alleanza dei Comuni guelfi (1282) e scegliendo Prato come sede della lega.

Alle discordie intestine cercò di porre tregua una delle più eminenti personalità politiche del tempo, il celebre cardinale pratese Niccolò Albertini. Con la missione di pacificatore dell'Italia che aveva ricevuto dal pontefice Benedetto XI nel 1304, egli iniziava un ampio disegno di mediazione e di ricerca di uno stabile equilibrio che avrebbe poi proseguito su scala europea sventando le mire francesi sulla corona imperiale, favorendo l'elezione di Arrigo VII di Lussemburgo e sostenendo Clemente V. In quell'anno Niccolò fu anche a Prato in veste di paciere, intanto che Firenze gli affidava la signoria e la riforma degli statuti e Pistoia lo faceva suo podestà e capitano. Proprio le fazioni della città natale dovevano però rendere vano in Toscana il generoso tentativo dell'Albertini. Contro i pratesi "perturbatori della pace" a Firenze si bandì una spedizione militare, ma Prato, con un abile stratagemma, seppe fermare nei pressi di Campi un forte esercito nemico. Malgrado tutto questo il cardinale, dotato evidentemente delle virtù che sperava d'infondere negli altri, non cessò dalla sollecitudine verso i riottosi concittadini: negli anni successivi fece anzi eseguire a Prato importanti opere pubbliche, anche di carattere monumentale, ampliò la biblioteca di San Domenico, istituì a Parigi un collegio per i pratesi che studiavano in quel grande centro universitario.

Il Gigliato Pratese - la moneta pratese al tempo di Roberto d'Angiò

Aggravandosi la situazione interna, Prato, così come altri comuni vicini, risolse infine nel 1313 di porsi sotto la protezione del re di Napoli Roberto d'Angiò e di nominarlo signore della città, con diritto di trasmettere il titolo ai successori; questo pur conservando - con la flessibilità tipica degli organismi medievali - il proprio ordinamento repubblicano.

La dinastia francese originaria dell'Anjou svolgeva da tempo un ruolo di primo piano nelle vicende civili pratesi e toscane; i pratesi avevano combattuto a fianco di Carlo I e Roberto era il sovrano cui Convenevole da Prato, anticipando le idee politiche del discepolo Petrarca, aveva dedicato un poema esortandolo a farsi unificatore guelfo dell'Italia. Una statua del re venne posta sul palazzo del Popolo, la sua effigie comparve sul "gigliato" battuto dalla zecca pratese: ma alla prova dei fatti la città mal tollerò i vicari angioini, che si trovarono ben presto esautorati. Dietro i tumulti che portarono alla loro caduta erano i Guazzalotti, potente famiglia cittadina di cambiatori e letterati, artisti e uomini d'arme, che monopolizzava le cave di marmo del Monteferrato, aveva significativamente elevato presso i palazzi comunali un orgoglioso complesso di dimore turrite e non nascondeva ormai le sue ambizioni. Cacciati i vicari, vinte in battaglia le consorterie rivali dei Rinaldeschi e dei Pugliesi, essi giunsero in pratica ad avere la signoria della città.

In un periodo così travagliato della sua storia Prato sostenne gagliardamente la lotta contro Castruccio degli Antelminelli, signore ghibellino di Lucca e Pisa, che conquistata Pistoia - alla cui difesa avevano partecipato milizie pratesi - muoveva contro le altre due città della pianura. Avute col tradimento le rocche di Montale e Montemurlo che gli avevano opposto coraggiosa resistenza, egli si spinse con un forte esercito a dare il "guasto" fino a Calenzano e a Signa, ma fu respinto dalle mura di Prato. Nel 1328 i pratesi, avendo per capitani Chiolo Guazzalotti e Guido del Cinque, passarono anzi all'offensiva sul Montalbano, vincendo a Carmignano le truppe dell'Antelminelli.

Allontanato infine il comune pericolo, tornò ad acuirsi il contrasto che già da tempo opponeva Prato a Firenze ed aveva alle sue origini gratuita animosità reciproca, rivalità economiche, conflitti di giurisdizione. L'enorme disparità di forze non poteva lasciare dubbi sull'esito finale del confronto: pure i pratesi resistettero a lungo con abilità e fierezza, alternando concessioni e rappresaglie.

Dopo varie vicende politiche e militari si giunse alla guerra del 1350 e Prato, accusata di aver tentato di far ribellare Colle Val d'Elsa a Firenze, venne assediata dall'esercito fiorentino. Stremata da un'epidemia e agitata dalle fazioni contrarie ai Guazzalotti, la città dovette cedere alla forza del numero e patteggiò una resa onorevole.

L'anno successivo, per 17.500 fiorini d'oro Firenze comprava dalla regina Giovanna di Napoli, testimone del contratto Giovanni Boccaccio, quei diritti su Prato che da tempo gli Angioini non erano più in grado di esercitare. Né la cosa deve fare meraviglia, né essere enfatizzata in senso negativo: a tacere di esempi più illustri, la stessa Firenze nel 1531 sarà venduta con un diploma imperiale ben pagato alla famiglia dei Medici, originari di Cafaggiolo nel Mugello.